Formation Logiciel R - Rapports automatisés de R Markdown à Bookdown

R est un logiciel open source destiné aux statistiques et à la science des données, disponible sur toutes les plateformes. Il propose toutes les fonctions utiles pour la statistique courante ainsi que de nombreuses extensions (paquets).

Dans R, les rapports dynamiques désignent des fichiers générés automatiquement (automatisés) écrits dans un format déterminé : R Markdown. Ce format, qui comprend des balises, permet d'inclure du texte, des commentaires, du code R ou encore les sorties de ces codes R. Ces rapports sont dits reproductibles : quiconque dispose du fichier en .Rmd peut reproduire l'analyse statistique à l'identique.

Cette formation Logiciel R permet de produire de façon automatisée des documents de travail contenant du texte, du code R, et les sorties de ces codes R.

Objectif opérationnel : 

Savoir produire de façon automatisée des documents de travail contenant du texte, du code R et les sorties de ces codes R.

Objectifs pédagogiques :

À l'issue de cette formation R, vous aurez acquis les compétences et connaissances nécessaires pour :

• Produire de façon automatisée des documents de travail contenant du texte, du code R, et les sorties de ces codes R
• Inscrire ces documents dans une démarche de travail reproductible
• Générer ces documents en format HTML, word ou PDF

Public :

Ce cours cible les utilisateurs du logiciel R qui souhaitent apprendre à créer des rapports automatisés avec R.

Prérequis :

Pour suivre cette formation R Markdown & Bookdown, le participant doit avoir des connaissances de base sur le logiciel R : création et manipulation des objets sous R, importation des données, utilisation simple de R en mode console, création de graphiques simples...

Introduction à R Markdown

Programmation lettrée
Crise de la reproductibilité
Principe de R Markdown

Script R Markdown

Structure : en-tête, texte, chunk
Formats de sortie : html, word, pdf
Premier rapport dynamique : bouton knit

Gestion des éléments de texte

Formatage : gras, italique, insertion de ligne
Les listes : numérotées, non numérotées
Les titres et leur numérotation
La table des matières

Exercices

Insertion d’éléments

Les images
Les tables
Les liens hypertexte
Les notes de bas de page
Les équations
Les références bibliographiques

Exercices

Gestion du code R

Options d’affichage du code
Options d’affichage des sorties
Les graphiques
Les tables de données
Les options par défaut
Exercices
Amélioration des rendus simples
Ajouter un modèle Word
Options pour le pdf
Les modèles html

Exercices

Amélioration des rendus simples

Ajouter un modèle Word
Options pour le PDF
Les modèles HTML

Exercices

Paramétrisation des scripts rmd (rapports répétés)

Principe
Exemples

Exercices

Réalisation de documents contenant plusieurs chapitres

Principe du package bookdown
Les différents fichiers nécessaires
Compilation des chapitres
Les différents formats de sortie
Debuggage
Déploiement du document html sur https://bookdown.org/
Mise en application